Вскоре, уже в 1992 году, статус премии был пересмотрен, и она превратилась в ежегодную, присуждаемую от имени Литературного благотворительного Беляевского фонда и Союза писателей Санкт-Петербурга. В таковом качестве она просуществовала по 1997 год. Затем, вследствие ликвидации Беляевского фонда, в ее деятельности наступил четырехлетний перерыв.

В 2002 году вновь созданный Оргкомитет Беляевской премии вторично пересмотрел ее статус и отказался от присуждения премий за фантастику, поскольку различных наград в этой области литературы существует более чем достаточно, тогда как произведения научно-популярной, научно-художественной (или, шире, просветительской) литературы отмечаются лишь премией «Просветитель» (которая возникла позже, в 2008 году) да изредка — в составе многожанровых премий. С тех пор Беляевская премия ежегодно присуждается исключительно за достижения в области просветительской литературы.